Tableau I.
Approches non-invasives de détection des cancers couplant la méthylation différentielle et l’apprentissage automatique. Cette liste reprend les études citées dans le texte (voir également [44]). WGBS : séquençage au bisulfite du génome entier (whole genome bisulfite sequencing) ; DMR : région(s) différentiellement méthylée(s) (differentially methylated regions) ; cfMeDIP : immunoprécipitation d’ADN circulant méthylé (cell-free methylated DNA immunoprecipitation).
| Niveau de traitement de l’information de la méthylation | Méthode | Marqueurs | Types de cancers et stades | Algorithme d’AA | Réf. |
|---|---|---|---|---|---|
| Dinucléotide CpG | WGBS | Cible : 42 374 clusters de sites CpG | Foie (stades NA) | Apprentissage supervisé | Li et al., 2018 [64] |
| Dinucléotide CpG | WGBS | Cible : 11 787 CpG | 5 cancers : estomac, œsophage, colon, poumon, foie (stades I à IV) | Apprentissage supervisé | Chen et al., 2020 [49] |
| Dinucléotide CpG | Séquençage au bisulfite ciblé | Cible : 485 000 CpG Sélection 10 CpG | Foie (stades I à IV) | Apprentissage supervisé | Xu et al., 2017 [62] |
| Dinucléotide CpG | Séquençage au bisulfite ciblé | Cible : 544 CpG Sélection de 9 CpG | Colorectal (stades I à IV) | Apprentissage non supervisé (clustering) ; Apprentissage supervisé | Luo et al., 2020 [48] |
| Région (~170 pb) | cfMeDIP-seq | 300 DMR | 7 cancers : pancréas, vessie, sein, colon, poumon, rein, leucémie aiguë myéloïde (stades I à IV) | Apprentissage supervisé | Shen et al., 2018 [45] |
| Région (~170 pb) | cfMeDIP-seq | 300 DMR | 8 cancers : leucémie aiguë myéloïde, vessie, sein, colon, poumon, pancréas, rein, gliome (stades II à IV) | Apprentissage supervisé | Nassiri et al., 2020 [46] |
| Région (~170 pb) | cfMeDIP-seq | 300 DMR | Rein (stades I à IV) | Apprentissage supervisé | Nuzzo et al., 2020 [47] |
| Région (~200 pb) | Séquençage au bisulfite ciblé | 887 DMR | Poumon (NSCLC) (stade I) | Apprentissage supervisé | Liang et al., 2019 [63] |
| Région (~170 pb) | Séquençage au bisulfite ciblé | 103 456 DMR | 50 types de cancers (stades I à IV) | Apprentissage supervisé | Liu et al., 2020 and Klein et al., 2021 [50,51] |
| Haplotype de méthylation | WGBS | 147 888 haplotypes de méthylation. Sélection de 15 % des régions les plus différentiellement méthylées | 2 cancers : poumon, côlon (stades NA) | Apprentissage non supervisé | Guo et al., 2017 [38] |
| Haplotype de méthylation | Séquençage au bisulfite ciblé | 372 haplotypes de méthylation | 6 cancers : gastrique, côlon, sein, ovaire, poumon, mélanome uvéal (stades I à IV) | Apprentissage supervisé | Michel et al., 2024 [52] |
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