Préparation des petits brins naissants. Les petits brins naissants (PBN) sont des molécules caractéristiques des origines de réplication. Ils possèdent en 5’ une amorce ARN synthétisée par la primase lors de l’initiation de la synthèse du brin complémentaire. Cette propriété permet de les enrichir après digestion par la λ-exonucléase. Après traitement par une kinase, l’ADN cassé contaminant est, lui, dégradé car il possède une extrémité 5’ phosphate reconnue par la λ-exonucléase alors que les PBN sont protégés par leur amorce ARN. Pour préparer les PBN, de l’ADN génomique est extrait de cellules en phase exponentielle. Après dénaturation à la chaleur, l’ADN est fractionné sur gradient de sucrose. L’ADN compris entre 1,5 et 2 kilobases est sélectionné et soumis à une phosphorylation et à un traitement à la λ-exonucléase. Les origines de réplication sont caractérisées par un fort enrichissement en PBN qui peut être détecté à l’échelle du génome par séquençage massif ou localement par PCR (polymerase chain reaction) quantitative.