Le choléra est une maladie connue depuis l’antiquité dans le sud de l’Asie. Entre 1817 et 1923, six pandémies se sont succédé, avec pour origine géographique la baie du Bengale et avec une plus ou moins grande diffusion mondiale favorisée par la révolution des moyens de transport maritime et terrestre [1]. La septième pandémie de choléra, qui a débuté en Indonésie en 1961, est toujours en cours [2], et la majeure partie du fardeau de cette maladie est portée par les pays d’Afrique, l’Inde et le Bangladesh, avec également des épidémies importantes à Haïti et au Yémen [3]. Le nombre de cas de choléra dans le monde a été estimé entre 1,3 et 4 millions par an, entraînant entre 21 000 et 143 000 décès [4]. Le choléra est une maladie largement sous-déclarée à l’échelle mondiale à cause des répercussions négatives sur le tourisme et l’économie, mais également du fait de faibles capacités de diagnostic dans les principaux pays touchés. Depuis 2022, il existe une résurgence du nombre de cas de choléra dans le monde (472 697 cas déclarés en 2022 à l’Organisation Mondiale de la Santé [OMS], contre 223 370 en 2021), avec des épidémies dans des pays depuis longtemps épargnés par cette maladie, tels que le Liban ou la Syrie, des épidémies importantes (plus de 10 000 cas) dans des pays comme l’Afghanistan, le Cameroun, le Malawi ou le Nigéria, et enfin une reprise des épidémies en Haïti et au Yémen [5]. En 2023, cette résurgence a été classée en situation d’urgence de niveau 3 (le niveau le plus élevé) par l’OMS. La maladie entraîne une diarrhée aqueuse très sévère dans 10 % des cas, conduisant à une déshydratation intense et rapide, mortelle dans 50 % des cas en l’absence de traitement, alors que la létalité est inférieure à 1 % en cas de prise en charge adaptée [1]. Le traitement repose sur la réhydratation des patients par voie orale en cas de symptômes modérés, ou par voie intraveineuse dans les cas plus graves. L’utilisation des antibiotiques est recommandée par l’OMS dans les cas sévères pour réduire la durée des symptômes, la durée d’hospitalisation et la durée du portage, et donc la transmission de la maladie. Les trois antibiotiques recommandés par l’OMS sont, en première intention la doxycycline, et en seconde intention, l’azithromycine et la ciprofloxacine [6].

Le choléra est causé par la bactérie Vibrio cholerae du sérogroupe O1, plus rarement O139, produisant la toxine cholérique (vibrion cholérique). L’identification et la circulation de cette bactérie pathogène n’ont pu être précisées que récemment grâce à l’étude des génomes bactériens [7] : seule la lignée génétique 7PET (seventh pandemic V. cholerae El Tor) est actuellement responsable du choléra pandémique [8]. Cette lignée a été introduite à au moins quatorze reprises en Afrique depuis 1970, à partir de l’Asie du Sud, directement ou en transitant par le Moyen-Orient lors des premières introductions [9]. Une fois introduites dans deux zones privilégiées (Afrique de l’Ouest et Afrique de l’Est), les différentes sous-lignées (AFR1, AFR3-AFR15) ont circulé régionalement (du littoral d’Afrique de l’Ouest vers le lac Tchad, ou du littoral d’Afrique de l’Est vers la région des Grands Lacs) avant de disparaître et d’être remplacées par une autre sous-lignée.

La sous-lignée AFR13, originaire d’Asie du Sud, a été introduite en Afrique de l’Est entre 2013 et 2014 [10]. Elle s’est ensuite propagée au Yémen en 2016, où elle a causé la plus grande épidémie recensée au cours de la septième pandémie de choléra, avec plus de 2 millions de cas suspects [11]. Cette souche était alors relativement sensible aux antibiotiques, avec une résistance au triméthoprime en lien avec la présence d’un gène dfrA1 porté par un îlot génomique (nommé ICEVchInd5), une résistance aux nitrofuranes en lien avec des mutations dans les gènes chromosomiques nfsA (R169C) et nfsB (Q5Stop), et avec une baisse de la sensibilité voire une résistance à la ciprofloxacine (selon les concentrations critiques utilisées : celles du CLSI [Clinical & laboratory standards institute] ou celles de l’EUCAST [European committee on antimicrobial susceptibility testing]) du fait de mutations dans les gènes chromosomiques gyrA (S83I) et parC (S85L).

En 2018, après deux années d’utilisation de macrolides, dont l’azithromycine, dans le traitement des cas de choléra au Yémen, les isolats sont devenus résistants à cette classe d’antibiotiques ainsi qu’à d’autres du fait de l’acquisition, par transfert horizontal, d’un plasmide de multirésistance aux antibiotiques [11]. Ce plasmide de type IncC₂ (nommé pCNRVC190243) portait un gène de résistance aux β-lactamines (bla-PER-7) codant une β-lactamase à spectre étendu et conférant une résistance aux céphalosporines de troisième génération, trois gènes conférant la résistance à l’azithromycine (mphA, mphE, msrE), et deux gènes (sul1) responsables de la résistance aux sulfamides. L’association des gènes sul1 avec le gène chromosomique dfrA1 entraînait également une résistance de la souche au cotrimoxazole. Au total, cette souche est donc devenue résistante à une dizaine d’antibiotiques, et surtout à deux des trois antibiotiques recommandés par l’OMS pour le traitement du choléra, ce qui ne laisse que la doxycycline comme possibilité de traitement par voie orale. Après le Yémen, cette souche hautement résistante aux antibiotiques a été isolée au sud et à l’est du Liban en 2022, lors de la résurgence mondiale du choléra [12]. La surveillance génomique des souches du vibrion cholérique importées en Europe nous a permis de décrire la diffusion de cette souche en Afrique de l’Est : nous l’avons en effet identifiée chez trois voyageurs de retour du Kenya en 2023 (Figures 1 et 2) [13]. Le Kenya est un pays où le choléra est endémo-épidémique : des cas de choléra persistent tout au long de l’année, en plus des périodes d’épidémie. Entre octobre 2022 et octobre 2023, une épidémie de 12 120 cas de choléra a été rapportée à l’OMS, mais sans information sur la sensibilité des isolats aux antibiotiques [14].

Figure 1. Phylogénie des isolats de Vibrio cholerae O1 El Tor de la lignée de la septième pandémie. La figure présente une phylogénie (du type maximum de vraisemblance) de 1533 isolats de V. cholerae incluant les derniers isolats publiés d’Ouganda [16] et les souches importées en France en janvier et février 2025. Les flèches indiquent les trois vagues décrites à l’échelle génomique dans la lignée de la septième pandémie, ainsi que l’acquisition de l’allèle ctxB7 codant le variant le plus récent de la sous-unité B de la toxine cholérique. La colonne montre les origines géographiques des isolats et les sous-lignées introduites en Afrique (AFR1 et AFR3 à AFR15). Un agrandissement de la branche de la sous-lignée AFR13 est présenté à gauche. Pour chaque génome, le nom de la souche, le pays dans lequel a eu lieu l’infection, et l’année d’isolement sont indiqués. Les acquisitions des deux plasmides de type IncC sont également indiquées. La barre d’échelle indique le nombre de substitutions nucléotidiques par site variable. Les chiffres indiqués sur l’arbre correspondent aux valeurs de bootstrap pour les nœuds principaux.

Figure 2. Diffusion de la sous-lignée AFR13 très résistante aux antibiotiques dans le monde en février 2025.

La première introduction de cette souche AFR13 hautement résistante aux antibiotiques en Afrique de l’Est a finalement pu être datée à 2019, au Soudan, avec la publication récente de génomes de souches du vibrion cholérique isolées dans ce pays [15]. La présence de cette souche en Ouganda, un pays voisin du Kenya, en 2023 a également été identifiée (Figures 1 et 2) [16].

En mars 2024, cette souche a été identifiée à Mayotte, un département français localisé au large de la côte sud-est de l’Afrique, entre le Mozambique et Madagascar, initialement chez des personnes en provenance de Tanzanie ou des Comores (cas importés), puis à partir d’avril 2024, chez des personnes n’ayant pas voyagé (cas autochtones) (Figures 1 et 2) [13]. Au total, 221 cas de choléra confirmés (214 cas) ou probables (7 cas) ont été recensés durant l’épidémie à Mayotte entre le 22 avril et le 12 juillet 2024, dont 199 cas autochtones identifiés dans différents foyers de transmission communautaire [17]. La Tanzanie et les Comores sont deux pays ayant également subi de fortes épidémies de choléra en 2024 (12 085 cas en Tanzanie et 11 171 cas aux Comores déclarés à l’OMS entre le 1^er janvier et le 29 décembre 2024) [3]. Début 2025, ces deux épidémies étaient toujours actives, avec deux cas de choléra importés identifiés en France en janvier et février 2025 : l’un provenant des Comores (identifié dans l’hexagone), et l’autre de Tanzanie (identifié à Mayotte), toujours avec cette souche AFR13 hautement résistante aux antibiotiques (Figures 1 et 2). L'épidémie aux Comores s'étant finalement a priori arrêtée en mars 2025.

Au début de l’année 2025, cette même souche a été isolée à partir de sept cas de choléra au Royaume Uni et en Allemagne : cinq personnes avaient voyagé en Éthiopie (Figure 2), et les deux autres avaient bu de l’eau bénite rapportée d’Éthiopie [18].

Cette analyse du génome des souches isolées en 2024 aux Comores et à Mayotte permet également d’affirmer la réintroduction du choléra (et non sa persistance à long terme dans l’environnement), puisque les souches de la dernière épidémie dans l’archipel en 1999-2000 n’appartenaient pas à la sous-lignée AFR13, mais appartenaient à la sous-lignée AFR10, plus ancienne [9, 13].

Nous avons donc pu montrer la large diffusion, depuis le Yémen, de cette sous-lignée AFR13 du vibrion cholérique hautement résistante aux antibiotiques, vers le Moyen Orient et plusieurs pays d’Afrique de l’Est. Ce travail souligne l’importance d’une collaboration transfrontalière pour l’identification rapide et le suivi des souches de vibrion cholérique, avec en particulier une analyse de leur sensibilité aux antibiotiques, de façon à informer les autorités nationales et supranationales. L’utilisation d’antibiotiques adaptés en suivant les recommandations (en prohibant les chimioprophylaxies de masse) permettrait d’éviter la sélection de souches encore plus résistantes aux antibiotiques. En effet des souches de vibrion cholérique résistantes à la doxycycline par acquisition d’un plasmide ont déjà été décrites dans d’autres épidémies [19], et l’acquisition d’une résistance aux tétracyclines par cette sous-lignée AFR13 pourrait compromettre le traitement antibiotique du choléra, et ainsi faciliter encore plus sa diffusion dans un contexte de résurgence mondiale.

Liens d’intérêt

Les auteurs déclarent n’avoir aucun lien d’intérêt concernant les données publiées dans cet article.

Références

© 2025 médecine/sciences – Inserm

Liste des figures

Figure 1. Phylogénie des isolats de Vibrio cholerae O1 El Tor de la lignée de la septième pandémie. La figure présente une phylogénie (du type maximum de vraisemblance) de 1533 isolats de V. cholerae incluant les derniers isolats publiés d’Ouganda [16] et les souches importées en France en janvier et février 2025. Les flèches indiquent les trois vagues décrites à l’échelle génomique dans la lignée de la septième pandémie, ainsi que l’acquisition de l’allèle ctxB7 codant le variant le plus récent de la sous-unité B de la toxine cholérique. La colonne montre les origines géographiques des isolats et les sous-lignées introduites en Afrique (AFR1 et AFR3 à AFR15). Un agrandissement de la branche de la sous-lignée AFR13 est présenté à gauche. Pour chaque génome, le nom de la souche, le pays dans lequel a eu lieu l’infection, et l’année d’isolement sont indiqués. Les acquisitions des deux plasmides de type IncC sont également indiquées. La barre d’échelle indique le nombre de substitutions nucléotidiques par site variable. Les chiffres indiqués sur l’arbre correspondent aux valeurs de bootstrap pour les nœuds principaux.

Dans le texte

	Figure 2. Diffusion de la sous-lignée AFR13 très résistante aux antibiotiques dans le monde en février 2025.
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