Schéma du système Split-GFP au niveau d’un site de contact membranaire chez la levure. Le site de contact membranaire entre le réticulum endoplasmique et la mitochondrie est assuré par le complexe ERMES (ER-mitochondria encounter structure). Il est formé de quatre protéines distinctes chez la levure : Maintenance of mitochondrial morphology protein 1 (Mmm1), Mitochondrial distribution and morphology protein 12 (Mdm12), Mitochondrial distribution and morphology protein 34 (Mdm34) et Mitochondrial distribution and morphology protein 10 (Mdm10). Le complexe ERMES permet d’assurer les échanges de phospholipides entre les mitochondries et le réticulum endoplasmique. Les feuillets 1-10 (le gros fragment) de la GFP sont fusionnés avec la protéine Tom71 qui est une protéine membranaire de la mitochondrie. L’autre fragment, composé du feuillet 11, est fusionné à la protéine Ifa38 qui est une protéine membranaire du réticulum endoplasmique. Lorsque les membranes du réticulum et de la mitochondrie se rapprochent, grâce au complexe ERMES, le feuillet GFP11 se lie dans la structure « tonneau » des feuillet GFP1-10. La protéine GFP est alors reconstituée et émettra une fluorescence si elle est excitée. Ainsi, la fluorescence émise témoignera de la présence d’un site de contact membranaire.