Structure cristalline du complexe adénine-aptamère. A. Représentation de la structure secondaire et tertiaire du complexe. La structure secondaire de l’aptamère est représentée à gauche. Les nucléotides importants pour la liaison de l’adénine (A) sont représentés (nucléotides 13, 38, 42 et 65). L’adénine est représentée près du nucléotide 65 puisque ces deux éléments interagissent via une interaction de type Watson-Crick. La ligne pointillée représente les deux régions impliquées dans l’interaction de type boucle-boucle. À droite, la structure tertiaire du complexe montre une structure compacte ainsi que la localisation du ligand au cœur de l’aptamère. Le cœur de la jonction se replie sur la tige P1 pour bien entourer le ligand : 97,8 % de la surface du ligand est inaccessible au solvant. Les tiges P1, P2 et P3 sont en vert, en jaune et en bleu, respectivement. L’adénine est représentée en rouge. B. Interactions entre les bases de l’aptamère et l’adénine. Les bases importantes à la liaison de l’adénine sont représentées ainsi que les ponts hydrogènes effectués avec l’adénine (rouge). La base en position 65 forme une paire de base Watson-Crick avec l’adénine, ce qui lui confère un rôle essentiel pour la liaison du ligand.