Phylogénie du gène D1 codant pour un récepteur de la dopamine. Cet arbre a été « raciné » sur la myxine (un poisson dépourvu de mâchoires), c’est-à-dire que l’on a décidé, sur la base d’informations extérieures (ici paléontologiques et morphologiques) de placer le début de l’histoire de ces séquences entre la myxine et les gnathostomes (poissons à mâchoires). En effet, à partir des seules données moléculaires, il est très difficile de positionner le début de l’histoire (à moins de faire de nombreuses hypothèses). Le gène D1 s’est dupliqué en quatre copies chez l’ancêtre des vertébrés (notées ici A, B, C et D), qu’on appelle des paralogues (voir glossaire). De plus, le paralogue A s’est luimême dupliqué au sein des poissons, ce qui prouve que de tels événements sont fréquents. La résolution de l’arbre n’est pas bonne (les branches significativement robustes sont représentées en rouge), sans doute à cause du petit nombre de positions (~ 300). On notera que la phylogénie n’est pas parfaitement conforme à celle des espèces, comme le montre la non-monophylie des poissons pour D1A et D1B. Un scénario possible pour l’évolution de ce récepteur est que les quatre copies ont été engendrées par les deux événements hypothétiques de tétraploïdisation, que certaines ont été perdues dans plusieurs lignées de vertébrés et que d’autres événements de duplication (en tandem ou par tétraploïdisation) ont eu lieu chez les poissons téléostéens. En particulier, on notera l’absence des gènes D1C et D1D chez les mammifères, qui n’est pas due à un problème d’échantillonnage mais à deux pertes. Pour ce gène impliqué dans le système nerveux central, contrairement aux idées préconçues, les poissons ont plus de gènes que les mammifères. La barre correspond à un nombre moyen de 0,1 changement par position.