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Tableau I.

Sélection d’études utilisant le séquençage d’acides nucléiques viraux sur des échantillons d’eaux usées. Entérovirus D68 (EVD-68), norovirus groupe II (NoVGII), adénovirus humain 41 (HAdV41), Hépatite A (HAV), virus de la rougeole (MeV), virus de la grippe A (IAV).

Virus d’intérêt Pays Période Prétraitement Détection Technologie de séquençage Références
SARS-CoV-2 États-Unis Nov. 2020—Janv. 2021 (1) PEG(8 000)/NaCl précipitation;
(2) capture directe par résine de silice
RT-qPCR Illumina MiSeq [26]

SARS-CoV-2 Espagne 20 Déc. 2021—3 Janv. 2022 Aluminium adsorption-élution Séquençage Illumina MiSeq, MinION (Oxford Nanopore) [37]

SARS-CoV-2 États-Unis 2020—2022 PEG(8 000)/NaCl précipitation RT-ddPCR MinION (Oxford Nanopore) [27]

SARS-CoV-2 France Oct. 2020 — Mars. 2021 Ultracentrifugation RT-qPCR PromethION (Oxford Nanopore) [19]

SARS-CoV-2 Arabie saoudite 23 mars. 2020 — Sept. 2022 Viradel (virus adsorption-élution) RT-qPCR GridION (Oxford Nanopore) [23]

SARS-CoV-2 États-Unis Oct. 2020 — Avr. 2021 PEG(8000)/NaCl précipitation RT-qPCR Illumina NextSeq 500 [28]

SARS-CoV-2, EVD-68, NoVGII, HAdV41, HAV, MeV, IA) Royaume-Uni 2 Oct. 2021 — 29 mars 2022 Aluminium adsorption-élution RT-qPCR Illumina MiSeq, NovaSeq SP / S4, MinION (Oxford Nanopore) [12]

Hépatite E (HEV), Norovirus Royaume-Uni Oct. 2019 — Févr.2020 Ultracentrifugation RT-qPCR MinION (Oxford Nanopore) [20]

Virus respiratoires, entériques, urinaires États-Unis 6 Janv. 2022 — 29 Déc. 2022 Ultrafiltration RT-qPCR, séquençage Illumina NextSeq 2 000 [43]

Virome humain États-Unis Mai 2022 — Févr. 2023 Centrifugation RT-qPCR, séquençage Illumina NovaSeq 6 000 [42]

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