Table II.
Particularités, avantages et inconvénients des techniques d’identification des IPP. AP-MS : affinity purification-mass spectrometry ; APEX : engineered ascorbate peroxidase ; BioID : proximity-dependent biotinylation identification ; FRET : Förster resonance energy transfer ; NA : non applicable ; PLA : proximity ligation assay ; Y2H : yeast-two-hybrid.
| Approche | AP-MS | APEX | BioID | FRET | PLA | Y2H |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Mécanisme | Purification par affinité de complexes protéiques (principalement par immunoprécipitation) | Marquage proximal avec de la biotine activée | Marquage proximal avec de la biotine activée | Émission de fluorescence par tranfert d’énergie de résonance entre fluorophores | Détection de fluorescence conjuguée à de l’ADN amplifié | Expression d’un gène rapporteur par complémentarité de deux domaines fonctionnels |
| Période d’identification | À un instant donné | Quelques minutes | ~24 heures | À un instant donné | À un instant donné | À un instant donné |
| Avantages | Identification d’interactions directes | Marquage in vivo | Marquage in vivo | Identification d’interactions directes | Facilité technique et rapidité de l’expérience | Facilité de culture |
| Possibilité d’étiqueter la protéine cible | Identification d’interactions fortes, faibles et transitoires | Identification d’interactions fortes, faibles et transitoires | Identification de l’interaction in vivo | Visualisation de la localisation de l’interaction | Outils moléculaires à disposition nombreux | |
| Peut être quantitative | Adapté à l’étude de protéines membranaires | Adapté à l’étude de protéines membranaires | Visualisation de la localisation de l’interaction | Possibilité d’étiqueter les protéines cibles | Automatisation des cribles | |
| Inconvénients | Faux-positifs limités | Faux-positifs limités | ||||
| Identification d’interactions fortes seulement | Nécessite de générer une protéine de fusion | Nécessite de générer une protéine de fusion | Nécessite de générer des protéines de fusion | Utilisation de matériel fixé | Contexte cellulaire non pertinent | |
| Non adapté à l’étude de protéines membranaires | Taille de l’enzyme APEX (~28 kDa) | Taille de l’enzyme BirA* (~32 kDa) | Taille des fluorophores | Nécessite des anticorps validés en immunochimie | Modifications post-traductionnelles non-exhaustives | |
| Risque de faux-positifs | Stress oxydatif par le substrat (peroxyde d’hydrogène) | La biotinylation peut perturber le comportement cellulaire | Calculs de quantification des signaux d’émission | Expérience onéreuse | Taux élevé de faux-positifs | |
| Applicable sur modèles cellulaires ou animaux | Oui | Oui | Oui | Oui | Oui | NA |
| Applicable sur échantillons cliniques | Oui | Non | Non | Non | Oui | NA |
| Lecture | Spectrométrie de masse Western-blot | Spectrométrie de masse Western-blot | Spectrométrie de masse Western-blot | Microscopie | Microscopie | Culture par sélection |
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