Tableau I.
Techniques utilisées pour étudier le mécanisme de levée de pause transcriptionnelle. FRAP : fluorescence recovery after photobleaching ; FRET : Förster resonance energy transfer ; FICS : FRET image correlation spectroscopy ; sptPALM : single particle tracking photo-activated localization microscopy ; ChIP-Seq : chromatin immunoprecipitation sequencing ; RNA-Seq : ribonucleic acid sequencing ; GRO-Seq : global run on sequencing ; TT-Seq : transient transcriptome sequencing ; NET-Seq : native elongating transcript sequencing.
| Technique | Avantages | Inconvénients |
|---|---|---|
| Biochimie (élution de fractions, co-immunoprécipitation) | Détermination des complexes supramoléculairesPuissance statistique (grand nombre d’événements) | Détection d’interactions indirectesMoyennage des comportements |
| Microscopie de fluorescence(FRAP, sptPALM) | Mesures en cellules vivantes de la diffusion des protéinesSuivi de particules uniques en super-résolution | Besoin de protéines et/ou de locus ectopiquesCoûteux en temps, besoin d’un grand nombre de mesures pour avoir une puissance statistique satisfaisante |
| Microscopie de fluorescence(FRET, FICS) | Mesures et cartographie en cellules vivantes des interactions entre protéines | Besoin de protéines ectopiquesCoûteux en temps, besoin d’un grand nombre de mesures pour avoir une puissance statistique satisfaisante |
| ChIP-Seq | Immunoprécipitation de différentes formes de la polymérase, sur le génome entier | Bruit de fond important |
| RNA-Seq | Détection de l’ensemble des ARN | Sensibilité relativement faible |
| GRO-Seq | Mesures des ARN naissants | Systèmes d’induction nécessaires |
| TT-Seq | Très sensible pour détecter les ARN peu stables | Détection des ARN synthétisés sur une courte période (5 minutes); pas de détection de transcrits « en pause » |
| NET-Seq | Détection des zones de pause de la polymérase, de formes d’épissage | Non détection des ARN de taille < 35 nucléotides; possible poursuite d’élongation lors du protocole; dégradation possible des ARN |
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