Phylogénie des isolats de Vibrio cholerae O1 El Tor de la lignée de la septième pandémie. La figure présente une phylogénie (du type maximum de vraisemblance) de 1533 isolats de V. cholerae incluant les derniers isolats publiés d’Ouganda [16] et les souches importées en France en janvier et février 2025. Les flèches indiquent les trois vagues décrites à l’échelle génomique dans la lignée de la septième pandémie, ainsi que l’acquisition de l’allèle ctxB7 codant le variant le plus récent de la sous-unité B de la toxine cholérique. La colonne montre les origines géographiques des isolats et les sous-lignées introduites en Afrique (AFR1 et AFR3 à AFR15). Un agrandissement de la branche de la sous-lignée AFR13 est présenté à gauche. Pour chaque génome, le nom de la souche, le pays dans lequel a eu lieu l’infection, et l’année d’isolement sont indiqués. Les acquisitions des deux plasmides de type IncC sont également indiquées. La barre d’échelle indique le nombre de substitutions nucléotidiques par site variable. Les chiffres indiqués sur l’arbre correspondent aux valeurs de bootstrap pour les nœuds principaux.