Stratégie globale allant de la génération des DVG (pour Defective Viral Genome) in vitro et in vivo à leur caractérisation par analyse bio-informatique. A. Génération des DVG par passages successifs in vitro et in vivo en condition de forte infection. Dix passages en série des souches parentales CHIKV-Carib et CHIKV-IOL ont été réalisés en condition de forte multiplicité d’infection (MOI pour Multiplicity of infection) dans des cellules de mammifère (Vero, Huh7) ou de moustique (Aag2, U4.4). Les DVG sont ainsi produits et sont assemblés sous forme de DIP (pour Defective interfering particle). B. Les DVG produits in vitro et in vivo sont quantifiés et caractérisés par des analyses bio-informatiques. Les ARNs sont extraits des surnageants à chaque passage puis séquencés (RNAseq) dans le but de quantifier les DVG des souches Carib et IOL. A l’aide d’une carte thermique, les « points chauds » potentiels de délétion du génome viral dans les différents types de cellules (de mammifère et de moustique) sont identifiés. Parmi les centaines de DVG caractérisés, 20 DVG potentiels sont sélectionnés à partir de deux critères : présence à une fréquence élevée et maintien dans tous les passages (1 à 10). C. Les DVG sélectionnés sont incapables de s’auto-répliquer en absence de virus sauvage et interfèrent avec la réplication des virus sauvages CHIKV-Carib et CHIKV-IOL. (1) Une RT-qPCR réalisée après transfection des DVG seuls a permis de mettre en évidence que les DVG candidats ne peuvent pas s’auto-répliquer en absence du virus parental. (2) La transfection des DVG en grand nombre (ratio 10:1) conduit à une inhibition de la réplication du virus sauvage CHIKV-Carib-Gluc (dans lequel a été cloné le gène rapporteur de la luciférase ; luciférase +), révélée par une diminution de l’activité luciférase. Cela aboutit à l’accumulation des DVG et à la libération de particules interférentes défectueuses. En rouge sont représentés les génomes et particules de virus sauvages (IOL ou Carib), en bleu les DVG et les particules interférentes défectueuses. Ratio 10:1 ou ratio 1:1 : mélange contenant dix fois plus ou autant d’ARN de DVG que d’ARN de virus sauvage CHIKV-Carib-Gluc.(figure réalisée avec Biorender)