Cycles de réplication des rétrotransposons à LTR et sans LTR. Le génome des rétrotransposons à LTR consiste en deux LTR (long terminal repeat, flèches grises encadrées) flanquant une région centrale codante, qui contient deux cadres ouverts de lecture chevauchants : GAG et POL, analogues aux gènes rétroviraux du même nom. Les domaines fonctionnels de POL sont conservés entre les rétrotransposons à LTR et les rétrovirus. La polyprotéine Gag-Pol synthétisée est ensuite clivée en protéines distinctes : protéase (PR), transcriptase inverse-RNase H (RT-RH), et intégrase (IN). Le génome des rétrotransposons sans LTR de type LINE (long interspersed nuclear element) contient un promoteur ainsi que deux cadres ouverts de lecture : ORF1, qui code une protéine de liaison à l’ARN dont la fonction est mal connue, et ORF2, qui code une protéine ayant une activité endonucléase et transcriptase inverse. L’expression de tous les rétrotransposons est suivie de la maturation des ARN messagers (ARNm) correspondants et de leur transport vers le cytoplasme, où la traduction a lieu. Les ARN s’assemblent avec les protéines produites pour former des particules pseudo-virales (rétrotransposons à LTR) ou des ribonucléoparticules (rétrotransposons sans LTR). Dans le cas des rétrotransposons à LTR, la transcription inverse de l’ARN en ADN complémentaire (ADNc) a lieu dans les particules pseudo-virales, puis l’ADNc associé à des intégrases est importé dans le noyau pour permettre l’intégration d’une nouvelle copie dans le génome de l’hôte. Dans le cas des rétrotransposons sans LTR, les ribonucléoparticules sont importées dans le noyau, où la transcription inverse de l’ARN a lieu directement au site d’intégration par un processus appelé TPRT (target-primed reverse transcription) : l’activité endonucléase de Orf2p clive un brin de l’ADN génomique pour produire une extrémité 3’-OH, qui sert d’amorce pour la rétrotranscription de l’ARN du rétrotransposon en ADN.