Ressemblances entre les protéines Arc, dArc1, dArc2 et les protéines Gag de rétrovirus et de rétrotransposons à LTR. La polyprotéine Gag du rétrovirus de l’immunodéficience humaine (VIH) est clivée (triangles) en 4 protéines : matrice (MA) qui cible les membranes, capside (CA) qui s’oligomérise en capside, nucléocapside (NC) qui interagit avec les ARN génomiques, P6 impliquée dans la libération des virus hors des cellules. CA se compose de deux sous-domaines (CANt et CACt) présentant certaines similitudes entre eux (hachures) et résultant vraisemblablement d’une duplication [4, 7, 8]. La partie CACt est plus constante parmi les rétrovirus [2]. La protéine Arc des tétrapodes (celle du rat est donnée en exemple) dérive de Gag d’un rétrotransposon de type Ty3/gypsy. Arc a conservé les deux sous-domaines de CA qui présentent une ressemblance plus grande avec le domaine CACt du HIV [2, 7, 8]. Arc et Gag de certains rétrotransposons de type Ty3/gypsy (un exemple ici avec D.r.Gypsy10 du poisson Danio rerio [8]) possèdent un domaine N-terminal présentant des similitudes de séquence avec la région MA de Gag du HIV [4, 7, 8]. La ressemblance est limitée, et la fonction du domaine MA présumé de Arc reste à éclaircir. dArc1 dérive elle aussi de la protéine Gag d’un rétrotransposon Ty3/gypsy, et présente également les deux sous-domaines de CA. dArc1 possède de plus, dans sa partie C-terminale, un doigt à zinc de structure CX₂CX₄HX₄C (en rouge) dans un contexte basique (petits carrés) [7, 8, 10]. Cette structure est rencontrée dans la région NC de nombreux rétrovirus et rétrotransposons Ty3/gypsy, mais pas tous. Elle est présente en deux exemplaires dans le HIV et en un seul dans D.r.Gypsy10 ou S.c.Ty3. Elle est absente dans Arc, ce qui indique, avec d’autres arguments, que Arc et darc1 correspondent à deux domestications indépendantes de rétrotransposons apparentés mais distincts [7-10]. Un second gène darc2 code, chez la drosophile, une protéine très similaire à dArc1 mais sans le doigt à zinc CX₂CX₄HX₄C. Comme dArc1, dArc2 est relarguée dans des vésicules extracellulaires, probablement sous forme multimérique, mais son ARNm, dépourvu de la région 3’UTR de l’ARNm darc1 n’est pas encapsidé [10]. De plus, un pseudo-gène résultant d’une duplication partielle de darc1 s’intercale entre darc1 et darc2 dans au moins une souche de drosophile. Cette duplication altère l’expression de darc1, et, par conséquent, le développement des synapses neuro-musculaires et le phénotype des mutants darc1 [10]. Les clivages produisant de petits peptides (spacers) ne sont pas indiqués ; les clivages éventuels de Gag de D.r.Gypsy10 ne sont pas connus.