Les bactéries anaérobies, ces inconnues du microbiote pulmonaire

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Tableau I.

Principaux genres bactériens anaérobies retrouvés dans les études ciblant la mucoviscidose, la BPCO et l’asthme. BPCO : broncho-pneumopathie chronique obstructive; CF : cystic fibrosis (mucoviscidose).

Type respiratoire	Phylum	Genre	Forme	Gram	Contexte d’isolement (en dehors du tractus broncho-pulmonaire)	Spécificités bactériologiques	Références bibliographiques
Anaérobies stricts	Actinobacteria	Actinomyces	Bacille droit ou incurvé	+/-	Abcès cérébral humain, maladies parodontales, pleurésies, cavité buccale, intestin		[7, 23, 27, 28, 30, 32-35]
	Bacteroidetes	Prevotella	Bacille	-	Cavité buccale, tractus intestinal	Peut produire des acides gras à chaines courtes en petites quantités, de la porphyrine par les espèces pigmentées/genre discriminant la BPCO du sujet sain	[7, 23, 27, 28, 30, 32, 35, 36]
		Porphyromonas	Bacille/coccobacille	-	Isolé d’infections buccales	Produit de l’acide n-butyrique et de l’acide acétique/genre discriminant la BPCO du sujet sain	[7, 23, 30, 32, 33, 36]
		Tannerella	Bacille fusiforme	-	Cavité buccale humaine	Produit de l’acide acétique, butyrique, propionique, isovalérique et phénylacétique	[30, 32, 35]
		Flavobacterium	Bacille droit ou incurvé	-	Sol, eau douce, eau marine, environnement salin chaud, froid ou tempéré	Genre discriminant la BPCO et le sujet sain	[32, 36]
	Firmicutes	Veillonella	Coque	-	Cavité buccale, génito-urinaire, tractus intestinal	Produit du gaz et des acides acétique et propionique	[7, 23, 27, 28, 30, 32, 33, 35]
		Parvimonas	Coque	+	Cavité buccale, abcès humains	Produit de l’acide acétique	[32, 35]
		Catonella	Bacille	-	Crevasse gingivale humaine, poche parodontale	Produit des acides acétique, formique et propionique	[32, 35]
		Dialister	Coccobacille	-	Cavité buccale	Produit des acides acétique, formique et propionique /genre discriminant la BPCO du sujet sain	[35]
		Anaerococcus	Coque	+	Vagin, sécrétions purulentes	Produit des acides butyrique et lactique	[32]
		Peptococcus	Coque	+	Intestin humain, vagin, ombilic humain	Métabolise le peptone et les acides aminés en acide acétique, acide butyrique et acide isocaproïque	[25]
		Pontibacillus	Bacille	+	Lac salin	Augmentation chez les patients avec une BPCO sévère	[35]
		Oribacterium	Bacille/coccobacille	+	Bouche, tractus respiratoire haut		[23, 32, 33, 35]
		Filifactor	Bacille	-	Cavité buccale	Produit des acides acétique et butyrique
		Butyvibrio	Bacille incurvé	-	Rumen des ruminants, fèces des humains, lapins et chevaux	Produit de l’acide butyrique	[35]
		Clostridium	Bacille	+	Sol, tractus digestif humain	Augmentation chez les patients avec BPCO sévère	[35]
	Fusobacteria	Fusobacterium	Bacille	-	Cavité gingivale, intestin, tractus génital, ulcérations	Produit de l’acide butyrique	[7, 23, 27, 28, 30, 32, 35]
Anaérobies facultatifs	Actinobacteria	Atopobium	Bacille court	+	Tractus vaginal et intestinal, homme et animaux		[30, 35]
	Firmicutes	Gemella	Coque	+	Abcès, sang humain		[23, 32]
		Streptococcus	Coque	+	Membranes muqueuses de la bouche, tractus respiratoire haut	Produit de l’acide lactique /genre discriminant la BPCO du sujet sain	[7, 23, 27, 28, 30, 32, 33, 35, 36]
		Granulicatella	Coque	+	Flore normale du pharynx, de l’appareil urogénital et du tractus intestinal humain		[32, 33]
	Proteobacteria	Aeromonas	Bacille/coccobacille	-	Eau, impliquée dans des maladies d’animaux à sang froid et chaud dont l’homme	Augmentation chez les patients avec BPCO sévère	[35]

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