Figure 2.

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DL observé sur une région du chromosome 2 dans les populations HapMap. Les données du site HapMap (http://www.hapmap.org) ont été utilisées. Section 1 : Localisation des gènes et des SNP génotypés sur tout le chromosome 2. Section 2 : Localisation des gènes et des SNP génotypés entre les positions 46346800 et 46596799 de l’assemblage NCBI 34 du chromosome 2. Section 3 : Détail du DL entre les SNP de la région pour les populations HapMap (les populations JPT et CHB ont été combinées). Le programme Haploview (http://www.broad.mit.edu/mpg/haploview/) avec la méthode des intervalles de confiance de Gabriel [10] a été utilisé. Différentes teintes de rouge : couleur en fonction du D’ (rouge foncé : D’=1) et aucune preuve de recombinaison (selon les intervalles de confiance). En blanc : D’ <1,0 et preuve de recombinaison. En bleu : D’ = 1,0, mais la présence de recombinaison est non-concluante. Les blocs d’haplotypes sont indiqués en noirs et contiennent au moins 95 % de paires de SNP sans preuve de recombinaison. Section 4 : Taux de recombinaison moyen pour les quatre populations mesuré avec la méthode de McVean [16]. Les points chauds de recombinaison sont indiqués avec une flèche. Section 5 : SNP marqueurs sélectionnés selon l’algorithme Tagger pairwise (http://www.broad.mit.edu/mpg/tagger/) pour les quatre populations.
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