Réduction du segment chromosomique transféré à l’aide de marqueurs génétiques. Cette procédure nécessite que la position du site d’insertion du transgène soit connue et que l’on possède deux marqueurs moléculaires (microsatellites), situés de part et d’autre de ce site, polymorphes entre les lignées donneuse et receveuse (notés M1 et M2). Dans cet exemple, plusieurs dizaines de souris N5 ont été produites pour en identifier au moins une (de préférence un mâle, qui produit plus de descendants qu’une femelle) hétérozygote pour le transgène (allèle jaune) et homozygote à l’un des deux marqueurs pour l’allèle de la lignée receveuse (allèle vert). Elle est utilisée pour produire une génération N6, elle aussi de plusieurs dizaines d’individus, dans laquelle on sélectionne une souris hétérozygote pour le transgène et homozygote pour le deuxième marqueur.