Quelques exemples de graphes d’interaction. Au sein de ces graphes, les sommets font référence aux gènes. Les interactions entre les gènes A-E sont représentées par des arcs terminés par une flèche verte (activations) ou par un trait perpendiculaire rouge (inhibitions). Les détails moléculaires à la base de ces interactions sont implicites (transcriptions, traductions, associations et interactions entre macromolécules, etc.). Un arc représente par conséquent l’effet global (positif ou négatif) de l’expression d’un gène sur celle d’un autre gène. Dans les cas A, B et C, il est facile de prédire les répercussions d’une surexpression ou d’une perte de fonction d’un gène à quelque niveau que ce soit dans la hiérarchie. Le cas D représente une cascade de régulation bouclée sur elle-même : l’expression de chaque gène, directement influencée par un seul gène et influençant directement un seul autre gène, dépend aussi indirectement de sa propre expression. Enfin, le cas E comporte plusieurs circuits imbriqués, ce qui complique sérieusement toute analyse intuitive.