Diagramme d’instances. Les objets (instances de classes) sont représentés par leur nom. Les tuples (instances d’associations) sont représentées par des rectangles à bords arrondis. Dans AROM, les tuples n’ont pas d’identifiant, ils sont uniquement définis par les rôles. Afin de les discerner, les tuples sont représentés avec le code couleur correspondant dans le diagramme de classes (Figure 2).

Comment lire un diagramme d’instances :

La partie gauche du diagramme décrit les réactions chimiques. Les composés chorismate et glutamine sont les substrats de la réaction R1. Les instances chorismate et glutamine (représentées par des ovales) sont des éléments de la classe Compound. Chacun de ces éléments est relié à l’instance R1 de la classe Reaction par l’association IsSubstrateOf matérialisée par des rectangles violets. D’une façon similaire, les composés - produits de la réaction R1- sont représentés par les instances anthranilate, glutamate et pyruvate. Chacun de ces éléments de la classe Compound est relié à l’instance R1 par l’association IsProductOf matérialisée par un rectangle vert. Le composé anthranilate peut être considéré comme un intermédiaire réactionnel puisqu’il est à la fois produit de la première réaction et substrat de la seconde réaction. Dans la base, une seule instance anthranilate est reliée à la fois à l’instance R1, par l’association IsProductOf, et à l’instance R2 par l’association IsSubstrateOf. La partie droite du diagramme décrit la composition des assemblages moléculaires et les activités enzymatiques associées. Par exemple, l’instance (TrpGD)2 de la classe MolecularAssembly est reliée à l’instance TrpGD de la classe Polypeptide par l’association IsConstitutedOf dont la valeur de l’attribut Stoichiometry est égale à 2. Cet assemblage moléculaire possède une activité enzymatique propre. L’instance (TrpGD)2 est donc reliée à l’instance EC2.4.2.18 de la classe EnzymeClass par l’association HasCatalyticActivity. Par ailleurs, (TrpGD)2 est impliqué dans la constitution de la protéine mûre (instance [TrpE]²:[TrpGD]² qui possède deux activités enzymatiques).