Cartographie génomique comparée chez les mammifères

Bio-informatique (4)

Comparative genomic mapping in mammals

Laboratoire de Biométrie et de Biologie Évolutive, Université Claude Bernard Lyon I, 43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne Cedex, France

Résumé

La cartographie comparée est une analyse comparative de l’organisation chromosomique des génomes, qui repose sur l’exploitation de la biodiversité dans le double objectif de comprendre le fonctionnement des structures biologiques et d’en inférer l’évolution. La popularité actuelle de cette approche relève cependant d’une autre démarche, plus technique, qui résulte de la structure très particulière des connaissances actuelles sur les génomes. Le coût expérimental de l’analyse d’un génome restant très élevé, les informations disponibles sont le plus souvent concentrées sur quelques organismes « modèles » (principalement l’homme et la souris chez les mammifères). Déduire des informations sur des organismes d’intérêt, à partir de l’étude d’organismes modèles, est donc une démarche très précieuse, et la cartographie comparée entre dans ce cadre. Il faut également souligner que les comparaisons entre génomes peuvent être plus complexes et profiter des possibilités expérimentales offertes par certaines espèces. Ainsi, bien que l’homme soit l’un des organismes les mieux connus, la cartographie comparée est largement utilisée pour effectuer des allers-retours entre l’information génomique humaine et celle d’autres organismes dans lesquels l’observation, voire l’expérimentation génétique, est plus accessible.

Abstract

Comparative genomic mapping is a comparative analysis of the chromosomal organization of genetic information. Making use of the biodiversity, it aims at understanding the biological structures, their functioning bu also at inferring their evolution. The current popularity of this approach raised from another processes resulting from the peculiar structure of our current knowledge about genomes. Current cost of experimental analysis of genomes are still high, thus the information available is mostly concentrated on “model” organisms (as human or mouse for mammals). Inferring information relative to species of medical or economical interest from the analysis of model organisms is thus a promising processes. So is comparative genomic mapping. It should be also noticed that genome comparisons may be more complex and may benefit the experimental potential of some species. Although human is one of the most studied organism, comparative mapping is widely used to bridge the genomic information from human and the genetic knowledge from other species, in peculiar the ones for which genetic observations and experimentations are possible.