Mieux connaître les virus présents sur Terre grâce aux métagénomes

A better understanding of Earth’s viruses thanks to metagenomes

¹ Université Clermont Auvergne, CNRS, LMGE, F-63000 Clermont-Ferrand, France
² Department of Energy Joint Genome Institute, Lawrence Berkeley National Laboratory, 1 Cyclotron Road, Berkeley, CA 94720, États-Unis

^* francois.enault@uca.fr

Résumé

En dépit de leur très grand nombre, les virus qui peuplent l’environnement restent largement méconnus. Les approches de métagénomique ont permis depuis vingt ans de mieux connaître la composition des communautés virales naturelles, notamment les groupes viraux les plus fréquemment trouvés, et de lever peu à peu le voile sur l’étendue de leur diversité, révélant le grand nombre d’espèces, de genres et même de familles virales, pour la plupart identifiés pour la première fois. Au sein de ces groupes, le contenu en gènes, les hôtes infectés et les écosystèmes habités sont souvent cohérents avec l’histoire évolutive, reflet de l’origine très ancienne des virus et de leur très longue coévolution avec leurs hôtes, plus que de leur capacité à muter rapidement.

Abstract

Despite their large number, viruses present in the environment remain largely unknown. Metagenomic approaches, targeting viruses specifically or not, have allowed us a better understanding of the composition of natural viral communities, with Caudoviricetes, Microviridae, Cressdnaviricota or Phycodnaviridae being the most frequently found viral groups. Metagenomes are gradually revealing the extent of the diversity of these groups and their structure, highlighting the large number of species, genera and even viral families, most of which being seen for the first time. Within these groups, the gene content, infected hosts and inhabited ecosystems are often consistent with the evolutionary history traced with marker genes. Thus, the diversity of viruses and their genes is more a reflection of their ancient origin and long coevolution with their hosts than of their ability to mutate rapidly.