Ces virus qui nous habitent et qui nous visitent : le virome humain

These viruses that inhabit and visit us: The human virome

Centre international de recherche en infectiologie (CIRI), université Claude Bernard-Lyon 1, université de Lyon, Inserm U1111 – CNRS UMR 5308 – ENS, Laboratoire de virologie et pathologies humaines, Faculté de médecine RTH Laennec, 7 rue Guillaume Paradin, 69372 Lyon cedex 08, France

^* michele.ottmann@univ-lyon1.fr

Résumé

Les progrès récents des nouvelles techniques de séquençage ont ouvert la voie au décryptage du virome humain qui peut être défini comme l’ensemble de tous les virus présents dans le corps humain. Ces virus sont de différents types : endogènes, procaryotes, archéaux et eucaryotes¹. Chaque partie du corps humain constitue un microenvironnement différent et possède donc un virome qui lui est propre. Les infections virales peuvent être catégorisées selon l’issue de la phase aiguë. Jusqu’à récemment, seules les infections symptomatiques étaient étudiées. Cette revue résume l’état actuel de nos connaissances et propose une définition du virome humain sous l’angle des principes de l’écologie, en considérant l’être humain comme un écosystème.

Abstract

Recent advances in new sequencing technologies have opened the way to the deciphering of human virome. So far, human virome is defined as the complete list of viruses found in human body. Those viruses could be endogenous, prokaryotic, archaeal and eukaryotic. In addition, each compartment of the human body constitutes a different microenvironment with its own virome. Viral infections can be categorized according to the outcome of the acute phase and until recently, only symptomatic and pathological infections were studied. It is now well established that a healthy person has an extremely diverse virome. This review summarizes the current state of our knowledge and also proposes another classification of the human virome based on principles of ecology.