Les virus géants

État des connaissances, énigmes, controverses et perspectives

Giant viruses: update, enigmas, controversies and perspectives

¹ Information Génomique et Structurale, Aix-Marseille Université, CNRS (UMR7256), Institut de Microbiologie de la Méditerranée (FR3479), 13000 Marseille, France
² Assistance Publique-Hôpitaux de Marseille, Marseille, France

^* claverie@igs.cnrs-mrs.fr

Résumé

Le premier virus (celui de la mosaïque du tabac) a été découvert par Ivanoski en 1892 parce qu’il n’était pas retenu par les bougies de porcelaine de Chamberland¹, au contraire des microbes connus de son temps. Pendant plus d’un siècle, les virus sont ensuite restés associés à leur propriété de passer à travers les filtres « stérilisants » qui est encore le critère opérationnel standard pour distinguer la « fraction virale » de celles des autres microbes dans des échantillons médicaux ou environnementaux. La première exception au critère simpliste de la taille des particules est venue avec la découverte de Mimivirus, dont la nature virale n’a été reconnue qu’en 2003, après dix ans au cours desquels il a été confondu avec une bactérie intracellulaire obligatoire. Treize années plus tard, nous commençons à réaliser que les « virus géants » non filtrables sont loin d’être rares, qu’ils sont probablement ubiquitaires, et qu’ils couvrent une grande diversité de formes de virions, de tailles de génomes, de contenus en gènes, et de stratégies de réplication. Après une brève description des quatre familles de virus géants connus aujourd’hui, nous évoquerons les énigmes, les controverses et les perspectives de révolutions conceptuelles qui sont associées à ce nouveau domaine de la virologie en plein essor.

Abstract

Unlike microbes known in his time, the first virus (that of tobacco mosaic disease) was discovered by Ivanoski in 1892 because it was not retained by Chamberland’s porcelain candles. For more than a century afterward, viruses were equated with this simple property that is still extensively used today (using modern 0,2 µm pore filters) as a practical criterion to delineate the “viral fraction” from other microbes in medical or environmental samples. The first documented exception to the simplistic criterion of particle size came with the discovery of Mimivirus, the viral nature of which was eventually recognized in 2003, following ten years during which it was mistaken for an obligate intracellular bacterium. Thirteen more years later, we now realize that non-filtering “giant viruses” are not rare, probably ubiquitous, and come in a large variety of virion shapes, genome sizes, gene contents, and replication strategies. Following a quick description of the 4 giant virus families known today, we discuss the enigmas, controversies and perspectives of conceptual revolutions that are brought about by this new and booming area of virology.