Le séquençage haut-débit

Vers un diagnostic basé sur la séquence complète du génome de l’agent infectieux

High-throughput sequencing: towards a genome-based diagnosis in infectious diseases

¹ Gènes Diffusion, Douai, France
² U1019, UMR8204, Université de Lille, France
³ FRE3642, Université de Lille, France
⁴ Pegase-Biosciences, Institut Pasteur de Lille, 1, rue du professeur Calmette, 59019 Lille, France

^* segolene.caboche@pasteur-lille.fr

Résumé

Lors d’une infection, l’identification précise de l’agent infectieux est de première urgence. Après les méthodes phénotypiques qui restent largement employées, la biologie moléculaire a fait son entrée dans les laboratoires de microbiologie clinique, permettant l’identification du pathogène par la comparaison de son empreinte moléculaire à une banque de données. Le séquençage haut-débit permettrait de dépasser cette seule identification en exploitant la totalité de la connaissance du génome du pathogène. Ce passage de l’empreinte au portrait-robot, soutenu par un nombre croissant d’études préliminaires, permettrait une meilleure adaptation du traitement aux spécificités du pathogène. Cependant, plusieurs obstacles doivent être franchis afin que l’exploitation des données de séquençage haut-débit devienne une réalité.

Abstract

During a pathogen outbreak, the emergency resides in the identification and characterization of the infectious agent. In addition to the traditional phenotypic methods which are still widely used, the molecular biology is nowadays a common approach of clinical microbiology labs and the pathogen can be identified by comparing its molecular fingerprint to a data-bank. High-throughput sequencing should allow overcoming this single identification to exploit the whole information encoded in the pathogen genome. This evolution, supported by an increasing number of proof-of-concept studies, should result in moving from detection through fingerprints to the use of the pathogen whole genome; this forensic profile should allow the adaptation of the treatment to the pathogen specificities. From concept to routine use, many parameters need to be considered to promote high-throughput sequencing as a powerful tool to help physicians and clinicians in microbiological investigations.