Application de la génétique multifactorielle

Genome-wide association approach

Synergie Lyon Cancer, 150, cours Albert Thomas, 69008 Lyon, France

^* gilles.thomas@inserm.fr

Résumé

La génétique multifactorielle présente une difficulté par rapport à la génétique classique, telle qu’on l’entendait jusqu’à présent, qui était une génétique de type monogénique, la plupart du temps très pénétrante. C’est-à-dire que la présence d’une altération génétique avait la plupart du temps une traduction phénotypique. Dans le domaine du cancer, la plupart des prédispositions connues se transmettent sur le mode dominant, si bien que l’étude des structures familiales a permis d’envisager des études paramétrées, qui ont elles-mêmes permis d’identifier les gènes responsables. Dans l’hérédité multifactorielle, on cherche des gènes selon deux paramètres : la fréquence de l’allèle « à risque », qui varie de 0 à 1, et le niveau de risque par rapport au risque normal, qui diffère de 1 selon la probabilité de l’allèle à augmenter, par sa présence, l’apparition du phénotype. Par exemple, à un allèle dont la présence augmente le risque de cancer de 20 % par rapport au risque de la population générale sera attribué un risque de 1,2.

Abstract

The genome-wide association approach has been the most powerful and efficient study design thus far in identifying genetic variants that are associated with complex human diseases. This approach became feasible as the result of several key advancements in genetic knowledge, genotyping technologies, statistical analysis algorithms and the availability of large collections of cases and controls. With all these necessary tools in hand, many genome-wide association studies were recently completed, and many more studies which will explore the genetic basis of various complex diseases and quantitative traits are soon to come. The recent large genotyping studies have identified a new repertoire of cancer susceptibility genes and loci which are characterized by common risk alleles. Many of these loci were detected at low power, indicating that many further loci will probably be detected with larger studies. For the most part, the loci were not previously suspected to be related to carcinogenesis, and point to new disease mechanisms. The risks conferred by the susceptibility alleles are low, generally 1.3- fold or less. The combined effects may, however, be sufficiently large to be useful for risk prediction, and targeted screening and prevention, particularly as more loci are identified.