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Tableau 1.
Résumé des différentes disciplines omiques et de leurs applications.
| Discipline –omique | Approches méthodologiques | Applications |
|---|---|---|
| Génomique | Séquençage à courtes lectures (50-300 paires de bases) | Identification de variations nucléotidiques, du nombre de copies et de petites insertions/délétions par rapport à un génome de référence |
| Short read sequencing | ||
| Séquençage à longues lectures (10 000-1 000 000 paires de bases) | Assemblage de novo du génome, résolution de régions répétées, identification de variants structuraux complexes | |
| Long read sequencing | ||
| Épigénomique | Séquençage bisulfite | Détermination du profil de méthylation de l’ADN |
| ChIP-seq | Localisation des modifications chimiques des histones | |
| Chromatin ImmunoPrecipitation followed by sequencing | ||
| ATAC-seq | Détermination des régions accessibles de la chromatine | |
| Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing | ||
| Transcriptomique | Séquençage de l’ARN total | Quantification relative de l’expression moyenne des transcrits d’un échantillon |
| Bulk RNA-seq | ||
| Séquençage de l’ARN sur cellules ou noyaux isolés | Quantification relative de l’expression des transcrits dans des cellules ou des noyaux uniques | |
| scRNA-seq, snRNA-seq | ||
| Transcriptomique spatiale | Cartographie de l’expression des transcrits dans un contexte tissulaire | |
| Protéomique | Spectrométrie de masse sur peptides | Caractérisation globale ou ciblée des protéines dans un échantillon |
| Bottom-up proteomics | ||
| Spectrométrie de masse sur protéines intactes | Caractérisation globale ou ciblée des protéoformes et de leurs modifications post-traductionnelles dans un échantillon | |
| Top-down proteomics | ||
| Métabolomique | Métabolomique « classique » | Détection et quantification de composés hydrophiles (carbohydrates, acides nucléiques, acides aminés) |
| Lipidomique | Détection et quantification de composés hydrophobes (acides gras, glycérides, phosphoglycérides, sphingolipides, prénols, stérols) | |
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