Stratégie du criblage génomique par la technique CRISPR/Cas9. Les cellules d’une lignée cellulaire humaine exprimant l’endonucléase Cas9 (Cas9⁺) ont été transduites avec des vecteurs lentiviraux codant une banque d’ARN guides ciblant plus de 19 000 gènes, soit quasiment la totalité du génome humain (qui comporte environ 21 000 gènes). Ces cellules ont été transduites de façon à ce que chaque cellule exprime un seul ARN guide et soit donc invalidée seulement pour un gène unique. Dans cette population de cellules mutantes, celles incapables d’inhiber le VIH-1 malgré un pré-traitement avec de l’interféron α ont ensuite été sélectionnées. L’interféron permet normalement l’établissement d’un état cellulaire antiviral via l’induction de gènes codant des protéines effectrices antivirales et inhibant fortement la réplication du VIH-1. Pour ce criblage, les cellules pré-traitées à l’interféron ont été infectées avec un VIH-1 génétiquement modifié afin d’exprimer une cassette de résistance à un antibiotique. L’ajout de l’antibiotique a permis de sélectionner uniquement les cellules infectées par le virus, qui sont les seules capables de survivre en présence de l’antibiotique. Ce procédé de sélection a été réalisé sucessivement trois fois au total, en utilisant des cassettes de résistance à des antibiotiques différents. Les ARN guides enrichis dans les cellules sélectionnées ont été identifiés par séquençage nucléotidique à haut débit. Ainsi, les ARN guides les plus enrichis ciblent des gènes candidats potentiellement impliqués dans la défense antivirale (figure réalisée sur BioRender.com).