(A) Un arbre phylogénomique (maximum de vraisemblance) des Nucleocytoviricota fondé sur 10 protéines supposément héritées verticalement. Les Nucleocytoviricota infectent une variété d’hôtes eucaryotes, principalement des protistes, comme indiqué ici pour ceux isolés à partir d’hôtes en culture ou non (i.e., reconstruction métagénomique). Les supports statistiques sont indiqués lorsque la valeur de bootstrap (mesure de robustesse) dépasse 80 %. La barre d’échelle indique le nombre de substitutions par site. La couleur de chaque étiquette de virus indique la lignée d’hôtes de laquelle le virus est issu, ainsi que ceux dont les hôtes sont inconnus. Les étoiles noires indiquent les hôtes protistes. Il est probable que la contribution relative plus élevée des protistes photosynthétiques en tant qu’hôtes des Nucleocytoviricota résulte du fait qu’il y ait plus de protistes photosynthétiques en culture par rapport aux protistes hétérotrophes et/ou mixotrophes (figure modifiée de [13]). (B) Représentation phylogénétique des phages en utilisant l’outil informatique vConTACT2 (Viral CONTigs Automatic Clustering and Taxonomy) pour établir les relations entre phages. Ce réseau comprend 2 617 génomes de phages de référence RefSeq, chacun étant représenté par un noeud. Une arête représente une connexion entre deux noeuds (génomes), fondée sur le nombre de clusters de protéines partagés. Les arbres phylogénétiques traditionnels sont utilisés en supposant que les phages suivent une évolution linéaire. Ce type de phylogénie fondée sur une analyse de réseau semble améliorer la compréhension des relations évolutives des phages, car elle fournit des informations sur les transferts horizontaux de gènes, qui sont très fréquents chez les phages, et est donc plus représentative (figure modifiée de [48]).