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Table 1
Origines et dates de publication des souches de virus utilisées dans cet article. Le nom propre Chine désigne dans ce tableau la République populaire de Chine.
| Souche | Hôte | Origine de l’isolat | Date de l’isolat | Publication de la séquence | Précisions concernant l’origine de l’échantillon |
| BtBM48-31 | Chauve-souris | Bulgarie | 2008 | 1er octobre 2010 | |
| BtGX2013 | Chauve-souris | Chine | 2013 | 7 juillet 2017 | |
| BtHKU3-12 | Chauve-souris | Chine (non précisé) | non précisé | 5 avril 2010 | Chine d’après la publication mais origine non indiquée dans NCBI |
| BtRaTG13_2013_Yunnan | Chauve-souris | Yunnan, Chine | 24 juillet 2013 | 24 mars 2020 | Séquence publiée en 2020, annotée comme isolée en 2013. |
| Les séquences génomiques partielles (région RdRp) publiées par groupe de Shi de 2016 i ont 100 % d’identité avec RaTG13. Génome reconstruit à partir d’échantillons de 6 espèces de chauve-souris | |||||
| BtRs4874 | Chauve-souris | Chine | 21 juillet 2013 | 18 décembre 2017 | Groupe de Shi à Wuhan (province de Hubei, Chine) |
| BtYN2013 | Chauve-souris | Chine | 2013 | 7 Juillet 2017 | |
| BtYN2018B | Chauve-souris | Chine | 1er septembre, 2016 | 30 juin 2019 | |
| BtYu-RmYN02_2019 | Chauve-souris | Chine Yunnan - Xishuangbanna | 25 juin 2019 | 3 février 2020 | Métagénome construit par séquençage d’un mélange de 11 échantillons provenant de fèces de chauve-souris de l’espèce Rhinolophus malayanus |
| BtZC45 | Chauve-souris | Zhoushan | 2017 | ||
| BtZXC21 | Chauve-souris | Zhoushan | 2015 | 5 février 2020 | |
| Cv007-2004 | Civette | Chine : Guangzhou dans la province de Guangdong | 2019 | 1er décembre 2005 | Virus de civette le plus proche de celui du SARS-CoV de 2003.Mentionné dans l’article : These cases were not linked to any laboratory accident |
| HuCoV2_WH01_2019 | Homme | Chine, Hubei, Wuhan | 23 décembre 2019 | 11 février 2020 | Génome de référence pour la pandémie Covid-19 |
| HuSARS-Frankfurt-1_2003 | Homme | Francfort | 2003 | 16 mars 2004 | Génome de référence pour l’épidémie SRAS de 2003 |
| PnGu-P2S_2019 | Pangolin | Chine, Guangdong | 2019 | 17 février 2020 | Séquence disponible dans GISAID, très proche de MP789. Version pré-publication ? |
| PnMP789 | Pangolin | Chine: pangolins malaisiens de contrebande, douanes du Guangdong | 29 mars 2019 | 23 avril 2020 | Métagénome assemblé à partir d’échantillons de 3 pangolins récoltés en mars et en juillet 2019. |
| PnGu1_2019 | Pangolin | Chine, Guangdong | 2019 | 18 février 2020 | |
| PnGX-P1E_2017 | Pangolin | Douanes chinoises sur un vol en provenance de malaisie | 2017 | 23 avril 2020 | |
| PnGX-P2V_2018 | Pangolin | Douanes chinoises sur un vol en provenance de malaisie | 2018 | 23 avril 2020 | Prélevée chez le pangolin, cette souche a été cultivée sur cellules humaines (et donc vraisemblablement adaptée à l’infection d’hommes) |
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