Du profil d’expression au réseau de régulation génique. A. Les profils d’expression pour chaque gène considéré (ici, on considère 7 gènes notés A, B, C, D, E, F et G) sont construits à partir de données transcriptomiques issues de différents échantillons, en concaténant les niveaux d’expression du gène considéré pour chaque condition testée. B..On peut inférer les modules de coexpression de gènes en calculant la distance entre les profils d’expression de chaque paire de gènes d’intérêt et en appliquant une méthode de classification non supervisée afin de les grouper en modules de gènes ayant des niveaux d’expression similaires sous les mêmes conditions (ici, deux modules sont inférés, M1 comportant les gènes A et B, et M2 contenant les gènes C, D, E et F). C. Réseau de régulation génique ou GRN (gene regulatory network) considérant les éléments régulateurs de l’expression des gènes du module M2, par exemple, les facteurs de transcription (TF), et un récepteur membranaire. Les interactions de régulation (activatrices ou inhibitrices de l’expression) sont soit inférées par corrélation entre les niveaux d’expression, soit prouvées expérimentalement (et une relation causale est alors établie).