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Tableau I.
Comparaison des principales caractéristiques associées aux deux générations actuelles de séquençage haut-débit.
| Technologie | 2e génération | 3e génération |
|---|---|---|
| Matrice de départ | ADN | ADN ou ARN |
| Détection des bases méthylées | Non | Oui |
| Modalité d’applications | Un laboratoire orienté biologie moléculaire | Décentralisation complète envisageable |
| Maturité technologique | Méthode en voie d’appropriation | Méthode émergente |
| Coût investissement | Coût d’investissement relativement élevé | Coûts d’investissement marginal |
| Format des données | Données peu entachées d’erreurs (taux d’erreurs < 1 %) | Données erronées (taux brut d’erreurs légèrement supérieur à 15 %) |
| Taille des lectures | Lectures courtes 400 bases pour Ion Torrent à 2 x 300 bases pour Illumina | Lectures pouvant dépasser 100 kilobases |
| Exploitation des données | Variable selon les technologies (4h - 24h) | Temps réel |
| Principales limites | - Coût d’investissement - Débit d’échantillons minimal pour optimiser un run |
- Stabilisation des protocoles - Coût à l’échantillon, selon les applications, encore relativement élevé |
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