Pipeline de métagénomique quantitative. L’étude du microbiote intestinal tel qu’il est effectué à MétaGénoPolis commence par la réception d’échantillons de selles issus de cohortes ou d’études cliniques. L’ADN contenu dans l’échantillon est extrait et préparé pour le séquençage. Trente à 50 millions de courtes séquences sont obtenues et « mappées » sur un catalogue référentiel des gènes bactériens présents dans l’intestin humain. Un profil d’abondance est ainsi obtenu pour chaque individu. Les analyses bio-informatiques et biostatistiques permettent alors d’identifier les espèces bactériennes associées à un phénotype clinique.