Arbre décisionnel appliqué à la quantification de l’autophagie. Images acquises en épifluorescence de cellules HeLa exprimant la protéine LC3 (light chain 3) (marqueur spécifique des autophagosomes) couplée à la GFP ; les cellules ont été traitées durant 2 h avec du DMSO (contrôle bio-inactif) ou de la rapamycine, inducteur de l’autophagie utilisé comme contrôle bio-actif. Les noyaux sont visualisés par marquage de l’ADN avec du Hoechst ; les autophagosomes visibles dans la cellule sous forme de spots brillants sont détectés dans le canal de la GFP. En présence de rapamycine, il y a une nette augmentation du nombre d’autophagosomes. L’analyse d’images permet, entre autres, d’accéder à l’intensité de fluorescence dans les différents canaux et au nombre d’autophagosomes par cellule. Un arbre de décision a été développé afin de trier les cellules en différentes sous-populations en fonction de leur intensité de fluorescence en GFP et de leur contenu en autophagosomes. L’histogramme présenté montre que, lors d’un traitement à la rapamycine, il y a une nette augmentation des sous-classes de cellules contenant plus de six vésicules, au détriment de la classe « 0-6 » (E. Soleilhac et al., données non publiées). Autophagos : autophagosome.