Analyse d’un écouvillonnage nasal par la technologie Illumina lors d’une pneumopathie humaine. Deux virus ont été mise en évidence : le virus respiratoire syncytial (RSV) et le cytomégalovirus (CMV) dont les génomes quasi complets ont été acquis. L’assemblage de novo (assembleur CLC Genomics) a identifié des contigs homologues chez ces deux virus. L’ensemble des reads non assemblés ont alors été localisés sur ces génomes de référence (mappeur CLC). Chaque graphe présente en abscisse les positions nucléotidiques du génome et en ordonnée la couverture du séquençage, c’est-à-dire le nombre de fois où chaque position est séquencée (source Pathoquest et Institut Pasteur du Cambodge [P. Buchy]).