Facteurs génétiques et de proximité entraînant des différences phénotypiques liées au sexe. Le chromosome X comprend environ 1 500 et le chromosome Y 78 gènes. Certains de ces gènes s’expriment différemment selon qu’il s’agit d’un mâle (46 XY) ou d’une femelle (46 XX). Certains aspects différents du métabolisme et de la croissance peuvent être attribués à l’expression déséquilibrée des gènes liés à l’X entre les sexes, en particulier à certains stades du développement préimplantatoire, quand les 2 chromosomes X peuvent être actifs. Si l’on considère l’organisme entier, les chromosomes sexuels jouent un rôle crucial dans l’établissement du dimorphisme sexuel des fonctions cellulaires. Mais cette expression déséquilibrée n’est pas confinée au développement préimplantatoire, elle intervient aussi ultérieurement, puisque certains gènes portés par le chromosome X échappent à l’inactivation ou sont soumis à empreinte. L’initiation de la différenciation sexuelle dépend du gène SRY, codé par le chromosome Y. Les gènes de détermination du sexe situés sur les chromosomes sexuels peuvent influencer non seulement le développement et le maintien différencié d’organes sexuels secondaires non gonadiques, mais aussi ceux d’organes en dehors du système reproductif, comme le foie, le cerveau [40]. Les hormones ont deux types d’effets : permanents « organisationnels » sur les organes génitaux, le cerveau et peut-être d’autres tissus, et des effets aigus « d’activation », via les hormones ovariennes et testiculaires. L’environnement, sous toutes ses formes, intervient à tous les stades avant et pendant la gestation et après la naissance, via des effets biologiques liés au sexe ou des aspects à proprement parler socioculturels contribuant à sculpter le phénotype social basé sur le genre. Toutes ces composantes envoient des signaux à la machinerie et aux marques épigénétiques, permettant à l’épigénome de chaque cellule de ­refléter le sexe (le genre) de l’individu (flèches vertes).