La machinerie autophagique dans les cellules mammifères. Le complexe d’initiation des autophagosomes Vps34/Bécline-1 joue un rôle crucial dans la formation et l’élongation du phagophore. L’activation de ce complexe, qui est inhibée (trait rouge) ou activée (flèche verte) par les différents partenaires indiqués, génère des groupements phosphatidylinositol 3-phosphate (PI(3)P₁) sur les membranes du phagophore. Ces groupements favorisent le recrutement de protéines nécessaires à l’apport de membranes au phagophore en croissance, impliquant WIPI1-α (WD repeat domain, phosphoinositide interacting-1a) et ATG9. Le complexe Vps34/Bécline-1 est également nécessaire à la formation de l’autophagosome par le recrutement des protéines autophagiques ATG12-ATG5 et LC3/ATG8. Aussi, l’élongation est assurée par le système de conjugaison ATG12-ATG5 (impliquant les protéines ATG7 et ATG10) qui mène à la formation de complexes macromoléculaires ATG12-ATG5-ATG16 essentiels au processus d’élongation et nécessaires au recrutement du complexe LC3-PE (LC3-II). Ce dernier résulte d’une modification post-traductionnelle de LC3 qui se lie alors de façon covalente à de la phosphatidyléthanolamine (PE) qui permet l’enchâssement dans la membrane de l’autophagosome en formation (ce processus nécessite ATG7 et ATG3). La fermeture de l’autophagosome s’achève par une réaction de séparation des protéines ATG associées à la membrane du phagophore. Seul LC3-PE lié à la membrane interne de l’autophagosome reste confiné dans ces vésicules. La maturation est régulée par des protéines facilitant les fusions vésiculaires, et la dégradation par des enzymes lysosomales. LAMP : lysosomal membrane proteins ; UVRAG : ultraviolet (UV) radiation resistance-associated gene.