Représentation théorique d’un réseau d’interactions entre protéines. Dans ce réseau, chaque nœud représente une protéine et chaque lien entre deux nœuds une interaction biophysique ou biochimique. Les différentes couleurs attribuées aux nœuds représentent des classes fonctionnelles (exemples : enzyme, facteur de transcription, localisation membranaire, coexpression, etc.). Les différentes épaisseurs des liens illustrent que les interactions peuvent être plus ou moins stables, ou bien démontrées avec plus ou moins de certitude. La notion de degré est représentée en rouge : une protéine n’interagissant qu’avec un seul partenaire est de degré 1, alors qu’une autre avec quatre partenaires est de degré 4. Lorsque dans un groupe les protéines partagent plus d’interactions entre elles que la moyenne, on peut supposer qu’elles forment un module fonctionnel [11] (en bleu). Si ce module contient des protéines de fonction inconnue, on peut prédire qu’elles partagent certaines des fonctions des autres membres. Bien que la plus grande partie de ce que nous connaissons sur le réseau d’interactions physiques entre protéines soit statique, ce savoir peut servir de plate-forme sur laquelle surimposer des informations dynamiques, comme la coexpression. Au sein de la forme violette, les nœuds de la même couleur sont des protéines dont l’expression est corégulée. Les nœuds roses, jaunes, violets et oranges sont regroupés par couleur, tandis que le nœud vert lie ces différents groupes entre eux. Cela suggère que le nœud vert a probablement une fonction d’intégration et de coordination dynamique des modules unicolores [8]. De la même façon, des données cinétiques peuvent se superposer aux interactions physiques statiques et placer dans un contexte plus général de petits systèmes dynamiques [8] (en vert). La flèche orange illustre que les cibles préférées des virus sont les protéines les plus connectées, ou hubs.