Principe de la technologie SELDI-TOF (surface-enhanced laser desorption and ionization time-of-flight). Cette plate-forme combine la chromatographie de surface à la spectrométrie de masse. En pratique, quelques microgrammes de protéines issues d’échantillons variés (liquides biologiques, cellules ou tissus) sont directement adsorbés sur une surface de 2 mm² présentant des propriétés chromatographiques variées. En fonction de la surface chromatographique choisie, le mélange protéique subit un fractionnement qui dépend des propriétés chimiques (anionique, cationique, hydrophobique, hydrophilique, affinité aux métaux) ou biologiques des protéines (liaison à un anticorps, un peptide, un récepteur, un ligand ou un acide nucléique). Après une série d’étapes de lavage, les protéines retenues sont recouvertes d’une matrice qui va absorber l’excès d’énergie lors de l’ionisation de l’échantillon par désorption au laser et permettre l’analyse en spectrométrie de masse en temps de vol (la spectrométrie de masse en temps de vol consiste à accélérer tous les ions à la même énergie cinétique. Leurs vitesses étant inversement proportionnelles à la racine carrée de leurs masses, les ions plus légers arrivent au détecteur plus rapidement que les ions plus lourds, ce qui permet de les séparer). Au final, on obtient un profil protéique représentant les différentes protéines en fonction du rapport masse sur charge (M/Z). Ces profils sont ensuite normalisés et calibrés puis analysés de manière différentielle par des algorithmes informatiques variés afin d’établir un profil protéique spécifique.