Obstacles potentiels à la transplantation du génome chez les bactéries. A. Des nucléases non spécifiques (sécrétées dans l’environnement ou liées à la membrane) peuvent hydrolyser l’ADN avant son entrée dans la cellule et doivent donc être inactivées. B. Les systèmes de restriction-modification (R-M), mécanisme de défense contre l’invasion d’ADN étranger, hydrolysent l’ADN entrant incorrectement méthylé. C. La machinerie de réparation/recombinaison de l’ADN de la cellule receveuse peut induire des événements de recombinaison homologues ou illégitimes entre génome donneur et génome de la cellule receveuse, pouvant aboutir à des cellules abritant des génomes mosaïques ou hybrides. D. Certaines bactéries possèdent sous la membrane plasmique un réseau structuré de filaments formant le cytosquelette pouvant « physiquement » empêcher l’entrée du génome donneur. E. Les systèmes toxine/antitoxine, les systèmes de reconnaissance d’ADN étranger (CRISPR, etc.) ou encore les séquences d’insertion (IS) pourraient également limiter la compatibilité entre le génome donneur et celui de la cellule receveuse.