Co-spéciation entre bactéries intestinales et mammifères, et lien avec les maladies inflammatoires intestinales chez l’humain. A. Transmission de bactéries intestinales d’un hôte à l’autre, soit via un héritage vertical (co-spéciation avec l’hôte), soit via des sauts d’un hôte à l’autre. La couleur bleue représente les bactéries se transmettant avec un taux de co-spéciation supérieur au taux de saut d’hôtes, la couleur orangée représentant le cas inverse. La proportion de bactéries ayant une tendance à se transmettre majoritairement par des événements de co-spéciation est supérieure à celle attendue par hasard, calculée à l’aide d’une hypothèse nulle. B. Exemple d’une bactérie intestinale appartenant à la famille des Clostridiales se transmettant par co-spéciation avec des espèces de mammifères (Ma). Chaque trait bleu indique la présence de la bactérie dans l’intestin de l’hôte. La topologie de la phylogénie bactérienne est parfaitement congruente avec celle de la phylogénie des hôtes, indice suggérant que les événements de spéciation bactérienne ont été congruents avec ceux des hôtes. C. Abondance relative d’une lignée bactérienne appartenant au genre Subdoligranulum qui est en co-spéciation chez les primates, incluant l’homme, et qui est associée avec deux maladies inflammatoires de l’intestin (inflammatory bowel disease, IBD) : la maladie de Crohn (CD) et la rectocolite hémorragique (UC, aussi appelée colite ulcéreuse). Chez les patients atteints d’IBD, il est observé une diminution significative de l’abondance de cette bactérie Subdoligranulum.