La phylogénie et le régime alimentaire de l’hôte déterminent la composition des microbiotes intestinaux de mammifères à différentes échelles taxonomiques bactériennes. A. Ce graphique montre l’intensité de la corrélation entre la dissemblance de composition du microbiote intestinal entre espèces de mammifères et leur distance phylogénétique (en bleu) ou leur différence de régime alimentaire (en orange). L’axe vertical indique le temps de divergence entre les lignées bactériennes peuplant les microbiotes de mammifères. À chaque temps t, les différents groupes bactériens sont définis, leur distribution à travers les hôtes calculée, et ainsi la composition des microbiotes déterminée. Les corrélations sont calculées à l’échelle des compositions globales des microbiotes. La phylogénie de l’hôte est fortement associée aux compositions du microbiote lorsque celles-ci sont déterminées en définissant les lignées bactériennes à un niveau taxonomique récent. En revanche, le régime alimentaire influence la composition du microbiote à plus large (c’est-à-dire ancienne) échelle taxonomique bactérienne. B. La phylogénie calibrée des bactéries intestinales observées chez l’ensemble des mammifères est représentée en gris. Les corrélations sont ici montrées à l’échelle des lignées bactériennes individuelles. Chaque point bleu ou orange indique que la distribution de la lignée bactérienne à travers les mammifères corrèle significativement avec leur distance phylogénétique ou leur distance de régime alimentaire, respectivement. Les camemberts sur la droite résument la proportion de lignées individuelles dont la distribution corrèle avec la phylogénie de l’hôte ou le régime alimentaire.