Figure 5.

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Illustration des différents systèmes de sauvetage contre le blocage des ribosomes bactériens. Pendant la traduction, le ribosome peut se gripper de deux façons différentes. On parle de no-go lorsqu’il ralentit ou s’arrête avant que le codon d’arrêt ne soit atteint, ou de non-stop lorsqu’il atteint l’extrémité 3’ d’un ARNm. Les complexes ribosomiques no-go peuvent retourner à la traduction canonique grâce à EF-P, qui aide la lecture des séquences riches en codons proline, ou grâce à EF4, qui remobilise les ribosomes lorsque la concentration intracellulaire en Mg2+ est élevée. Ces mêmes complexes peuvent être recyclés par la PTH qui sépare le peptide naissant lié à l’ARNt lorsque le ribosome est dissocié. Enfin, ces complexes peuvent être convertis en non-stop lorsque l’ARNm est clivé dans le site A. Les complexes non-stop peuvent être sauvés par trans-traduction, par ArfA, en coopération avec RF2, ou par ArfB. Entrées PDB 3HUW pour EF-P ; 3DEG pour EF4 ; 3VJR pour PTH ; 3KIQ pour RelE ; 2WH1 pour RF2 ; 4DH9 pour ArfB ; et 3IYQ pour ARNtm-SmPB. La structure ArfA a été modélisée avec I-TASSER (iterative threading assembly refinement). Son positionnement exact dans le ribosome est encore inconnu. Les éléments des systèmes de sauvetage sont en rouge. Les autres codes couleurs sont les mêmes que ceux employés dans la Figure 4 .
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