Présentation schématique des interactions hôte-microbiote dans l’intestin. A. Dans les conditions physiologiques, le système immunitaire contrôle le microbiote de la lumière intestinale et les mécanismes rétroactifs servent à éviter une activation excessive de la réponse immunitaire de l’hôte. Les bactéries commensales produisent des molécules anti-inflammatoires qui induisent la réponse tolérigène de l’hôte. B. Dans les conditions pathologiques chez des sujets immunodéficients (qui ont par exemple un défaut d’un des composants de la barrière intestinale ou d’un intermédiaire d’une des voies de signalisation impliquées), les changements de style de vie (stress, régime alimentaire, hygiène, tabac, antibiotiques, vaccins, etc.) peuvent induire une inflammation intestinale affectant l’équilibre entre le système immun de l’hôte et le microbiote intestinal. L’inflammation intestinale se traduit par une adhérence bactérienne accrue, des lésions épithéliales et la translocation accrue des bactéries dans la lamina propria. De plus, l’inflammation peut favoriser la sélection des bactéries pathogènes agressives qui sont plus résistantes aux effets des molécules antimicrobiennes de l’hôte. Ces bactéries peuvent induire la maladie même chez des sujets immunocompétents. Th : T helper ; Treg : cellule T régulatrice.