L’absence de AhR induit un changement profond de l’homéostasie intestinale. Dans l’intestin, les lymphocytes intraépithéliaux (IEL) ainsi que les RORγt⁺ILC jouent un rôle primordial dans le maintien de l’homéostasie. Lorsque le facteur de transcription AhR est génétiquement invalidé, le nombre de RORγt⁺ILC et IEL chute entraînant l’absence de formation de tissus lymphoïdes tels que les cryptopatches (CP) et les follicules lymphoïdes isolés (FLI). L’IL-22 est une cytokine secrétée par les cellules RORγt⁺ILC et IEL. Cette cytokine est importante pour la modulation des réponses des tissus à l’état stationnaire ou lors d’épisodes inflammatoires. Dans les tissus intestinaux, l’IL-22 induit dans les cellules cibles la sécrétion de peptides antimicrobiens (PA) et de protéines impliquées dans la formation de mucus. Elle protège également ces cellules contre l’apoptose et stimule leur prolifération protégeant ainsi les tissus. Lors d’un défaut en AhR, le microbiome serait également modifié, avec une augmentation de la population bactérienne et une sensibilité accrue aux infections pathogènes.