Principe de base des puces à protéines. Les puces à protéines se fondent sur l’immobilisation d’anticorps ou d’antigènes (protéines recombinantes, peptides, etc.) sur un support solide. Ces lames sont ensuite hybridées avec les sérums de patients et révélées par chimioluminescence ou fluorescence. Il est ainsi possible de détecter de manière différentielle les protéines de deux populations de sérums sur une même lame en marquant chacun des échantillons par la cyanine 3 (Cy3, fluorescence verte), ou la cyanine 5 (Cy5, fluorescence rouge). Ces lames sont ensuite scannées avec les deux longueurs d’ondes des fluorochromes afin d’être comparées et quantifiées.