Reconstitution de voies métaboliques. L’ensemble des enzymes caractérisées au cours de la première étape d’annotation autorise une première reconstitution des voies métaboliques de l’organisme étudié (B), le plus souvent par référence aux voies métaboliques d’un organisme (A) proche et bien étudié. Ainsi, dans cet exemple, aucun gène homologue à ceux qui codent pour les enzymes E2 et E5 ne sont retrouvés dans le génome de l’organisme B. Dans l’hypothèse où l’annotation de premier niveau est correcte et exhaustive, cette observation suggère que les enzymes E2 et E5 n’existent pas chez l’organisme B qui utilise alors des voies métaboliques alternatives à découvrir.