Le microbiome humain : 340 ans d’histoire, 140 ans d’interrogations, d’innovations technologiques et émergence de la « médecine microbienne »

The human microbiome: 340 years of history, 140 years of interrogations, technological innovations and emergence of “microbial medicine”

¹ Université Paris-Saclay, INRAE, MetaGenoPolis, AgroParisTech, MICALIS, Jouy-en-Josas, France
² Institut Pasteur, Paris
³ Collège de France, Paris

^* philippe.sansonetti@pasteur.fr

Résumé

On sait depuis 340ans que le corps humain héberge des microbes, alors appelés « animalcules ». Depuis plus d’un siècle, après la démonstration de la responsabilité de certains de ces microbes dans les maladies, on s’interroge sur le rôle de ceux – largement majoritaires – qui colonisent les surfaces cutanées et muqueuses humaines, particulièrement le riche écosystème microbien de l’intestin, le microbiote intestinal. De l’invention de la vie sans germe (axénie), qui a permis de valider expérimentalement la symbiose entre êtres humains et microbes, fruit d’une longue coévolution, à la mise au point des méthodes de culture anaérobies, puis à l’invention du diagnostic moléculaire, du séquençage profond ouvrant les approches métagénomiques et omiques en général, une formidable course s’est déroulée entre innovations technologiques et avancées conceptuelles. Cette course, au-delà de la description exhaustive du microbiote dans sa diversité intraet interhumaine, des fonctions symbiotiques essentielles du microbiome, a ouvert la voie d’un nouveau domaine de la médecine : la médecine microbienne.

Abstract

For 350 years, we have known that the human body hosts microbes, then called “animalcules”. For over a century, following the demonstration of the role of some of these microbes in diseases, questions have arisen about the role of the largely predominant ones colonizing human skin and mucous surfaces, particularly the rich microbial ecosystem of the intestine, the gut microbiota. From the invention of germ-free life – axenism – which experimentally validated the human-microbe symbiosis, resulting from a long coevolution, to the development of anaerobic culture methods, then to the invention of molecular diagnosis, deep sequencing opening up metagenomic and omics approaches in general, a remarkable race has taken place between technological innovations and conceptual advances. This race, beyond the exhaustive description of the microbiota in its intra- and inter-human diversity, and the essential symbiotic functions of the microbiome, has paved the way for a new field of medicine: microbial medicine.