Les bactéries anaérobies, ces inconnues du microbiote pulmonaire

Anaerobic bacteria, the unknown members of the lung microbiota

¹ UMR1078, Génétique, Génomique Fonctionnelle et Biotechnologies, Inserm, Université de Brest, EFS, IBSAM, 22, avenue Camille Desmoulins, 29238 Brest, France
² Unité de Bactériologie, Pôle de Biologie-Pathologie, Hôpital La Cavale Blanche, CHRU de Brest, 29238 Brest, France

^* genevieve.hery-arnaud@univbrest.fr

Résumé

La médecine a longtemps considéré le poumon comme un organe stérile. Il est désormais évident qu’il est colonisé par des microorganismes, y compris chez les sujets sains. Parmi les bactéries présentes dans le microbiote pulmonaire, une part importante est anaérobie (strictes ou facultatives). Si l’intérêt et l’impact du microbiote, en général, et pulmonaire en particulier, vont grandissant, peu d’études s’intéressent à ces inconnues que représentent ces bactéries anaérobies résidentes des poumons. Cette synthèse bibliographique décrit la biodiversité des anaérobies en situation physiologique et dans différentes maladies respiratoires chroniques (mucoviscidose, BPCO, asthme), abordant tour à tour leurs rôles dans l’effet de flore barrière, dans l’inflammation, ou encore comme potentiel biomarqueur de certaines maladies pulmonaires.

Abstract

Lungs were considered as sterile for a long time. However, it is now evident that the lungs of healthy people are colonized by microorganisms. Among the bacteria present in the pulmonary microbiota, a significant proportion is anaerobic (strict or facultative). Even though interest in the pulmonary microbiota is increasing, few studies have focused on these unknowns that represent the lung resident anaerobic bacteria. This review describes the biodiversity of anaerobes in physiological conditions, and in different chronic respiratory diseases (cystic fibrosis, COPD, asthma). It also explains anaerobes’ roles in the barrier flora effect, in inflammation, or as potential biomarkers in disease progression.