Fæces vivos docent

Microbiome intestinal ancien et problématiques médicales contemporaines

Importance of intestinal paleomicrobiome study for contemporaneous medical problematics

¹ Équipe d’anthropologie médicale et de médecine légale (Université de Versailles-Saint-Quentin-en-Yvelines [UVSQ]), 2, avenue de la Source-de-la-Bièvre, 78180 Montigny-Le-Bretonneux, France
² Hôpital Max Fourestier et Institut de la Précarité et de l’Exclusion Sociale, 403, avenue de la République, 92000 Nanterre, France
³ Collège de France, 11, place Marcelin Berthelot, 75005 Paris, France
⁴ Unité Inserm 786, Institut Pasteur, 25-28, rue du Docteur Roux, 75015 Paris, France
⁵ UMR 7206 Éco-anthropologie et éthnobiologie. CNRS - Muséum National d’Histoire Naturelle - Univ Paris Diderot - Sorbonne Paris Cité, Paris, France
⁶ Département de génomes et génétique, Centre d’innovation et recherche technologique, Institut Pasteur, 25-28, rue du Docteur Roux, 75015 Paris, France

^* philippe.charlier@uvsq.fr

Résumé

La composition et la diversité du microbiote intestinal humain apparaissent de plus en plus comme un marqueur fiable de l’évolution de l’homme dans son environnement, mais aussi de la santé et de son altération (c’est le concept de dysbiose). Il peut donc être considéré comme un marqueur puissant de l’état d’une pathologie rencontrée chez un individu. Ainsi, rétrospectivement, la possibilité de caractériser le microbiote intestinal des individus offrirait une excellente occasion d’identifier les changements individuels et sociétaux auxquels les populations anciennes ont été exposées. Une vision globale et environnementale de l’évolution du microbiote intestinal est donc nécessaire afin de mettre en évidence le rôle potentiel des facteurs environnementaux ou des habitudes humaines possiblement impliquées dans ces modifications évolutives. Cependant, pour tirer le meilleur parti de sa contribution, l’archéo-microbiologie doit être aussi exhaustive que possible, englobant virus et parasites qui ont vraisemblablement joué un rôle majeur dans le développement du système immunitaire des mammifères.

Abstract

Human gut microbiome composition and diversity increasingly appear as a reliable marker of human evolution within his environment, and of health and its alteration (concept of dysbiosis); as a matter of fact, it can be considered as a strong marker of the disease status of individuals. Thus, in retrospect, the capacity to profile the gut microbiome would offer a great opportunity to identify individual and societal changes to which ancient populations were exposed. A global and diachronic view of the gut microbiome evolution is necessary in order to highlight the potential role of environmental factors or human habits in this process. However, to make the most of its contribution, archaeo-microbiology should aim at being as exhaustive as possible, encompassing parasites which have likely played a major role in the development of the mammalian immune system, and viruses.