Technique d’imagerie RNAscope pour l’ARN de HEV. Le génome du virus de l’hépatite E (HEV) est constitué d’un ARN de 7,2 kilobases (kb) organisé en trois cadres ouverts de lecture (ORF) codant trois protéines virales. ORF1 code une polyprotéine impliquée dans la réplication virale, ORF2 code la protéine de capside, et ORF3 code une petite phosphoprotéine impliquée dans la sécrétion des particules virales. Les protéines ORF2 et ORF3 sont produites à partir d’un ARN sous-génomique de 2,2 kb. RNC : région non codante. Une représentation schématique de la technique RNAscope est présentée. Cette technique d’hybridation in situ « multiplexée » permet la détection spécifique de l’ARN par hybridation de paires de sondes dites « ZZ » sur des séquences cibles adjacentes. Fu et al. ont utilisé deux sondes différentes : une sonde ciblant une région conservée de ORF1, permettant de détecter spécifiquement l’ARN génomique de HEV (flèche en trait pointillé rouge bordeaux ), et une sonde ciblant une région chevauchante de ORF2 et ORF3, permettant de détecter à la fois l’ARN génomique et l’ARN sous-génomique de HEV (flèche en trait pointillé bleu). La combinaison de ces deux sondes permet de distinguer les génomes complets de HEV, encapsidés dans les particules virales, des génomes défectueux, tronqués ou sous-génomiques. Cette distinction est importante pour étudier le processus d’entrée du virus dans la cellule hôte. Après hybridation des paires ZZ, un système d’amplification du signal est assuré par la liaison séquentielle de molécules pré-amplificatrices et amplificatrices, suivie de l’hybridation de multiples sondes fluorescentes, produisant un signal ponctué, spécifique et sensible, correspondant à des molécules individuelles d’ARN. Figure réalisée avec BioRender.