Architecture simplifiée de l’intelligence artificielle de AlphaFold 2 et AlphaFold 3. A. L’architecture d’AlphaFold 2 se décompose en trois modules principaux. Les données de séquences des protéines et les données expérimentales des structures 3D sont traitées par le module d’entrée, puis analysées par le module Evoformer, dont les résultats sont ensuite transmis au module de structure. B. L’architecture d’AlphaFold 3 se décompose en six modules principaux. Le module Pairformer d’AlphaFold 3 remplace le module Evoformer d’AlphaFold 2, et le module de diffusion remplace le module de structure. La représentation des alignements de séquences multiples (multiple sequence alignment, MSA) d’AlphaFold 2 (indiquée par la double flèche dans la figure 1A) n’a pas été conservée, et toutes les informations passent maintenant par la représentation matricielle par paires d’atomes ou d’acides aminés. Enfin, un module de confiance a été ajouté dans AlphaFold 3. Figure adaptée de [1, 6].